Богоявленская церковь занимает особое место в центральном архитектурном ансамбле. Строилась она в 1687-1695 годах в стиле московского барокко. Фасады украшены богатейшей каменной резьбой, настолько виртуозной, что она успешно соперничает с резьбой по дереву и кости. Вокруг всего храма идёт пояс из архитектурных украшений, а под ними - двойной ряд поливных изразцов местного производства, украшенных причудливыми цветами и птицами. Присутствует и характерный для соликамской архитектуры «жучковый» орнамент.
Церковь пятиглавая, с колокольней, на которой ранее было установлено 16 колоколов. В XVIII веке по желанию солепромышленника Ростовщикова колокольня церкви была надстроена на три яруса для установки башенных часов. В 1938 году в связи с просадкой фундамента надстройка была разобрана, и в 1944 году был сделан деревянный шатер. С 1961 года церковь передана музею.
В церкви сохранилось великолепное собрание икон XVII-XVIII веков и деревянный резной пятиярусный иконостас. В настоящее время в Богоявленской церкви располагаются экспозиция и выставки Музея древнерусского искусства. В экспозиции представлена икона Николая Чудотворца, по преданию посланная соликамцам царем Иваном Грозным в ответ на их просьбу о выделении войска для охраны от вражеских набегов.
